{
  "analytic": "programmable-protein-design",
  "kind": "declared_analytical_or_constructed_example",
  "experimental_model_result": false,
  "panels": [
    {
      "kind": "bar",
      "labels": [
        "Start",
        "Backbone",
        "Sequence",
        "Sample",
        "Function"
      ],
      "series": [
        {
          "label": "Expected candidates",
          "y": [
            1000,
            800,
            480,
            240,
            48
          ]
        }
      ],
      "ylabel": "Expected count"
    },
    {
      "kind": "line",
      "x": [
        0.0,
        0.0033333333333333335,
        0.006666666666666667,
        0.01,
        0.013333333333333334,
        0.016666666666666666,
        0.02,
        0.023333333333333334,
        0.02666666666666667,
        0.030000000000000002,
        0.03333333333333333,
        0.03666666666666667,
        0.04,
        0.043333333333333335,
        0.04666666666666667,
        0.05,
        0.05333333333333334,
        0.05666666666666667,
        0.060000000000000005,
        0.06333333333333334,
        0.06666666666666667,
        0.07,
        0.07333333333333333,
        0.07666666666666667,
        0.08,
        0.08333333333333334,
        0.08666666666666667,
        0.09000000000000001,
        0.09333333333333334,
        0.09666666666666668,
        0.1,
        0.10333333333333335,
        0.10666666666666667,
        0.11,
        0.11333333333333334,
        0.11666666666666667,
        0.12000000000000001,
        0.12333333333333334,
        0.12666666666666668,
        0.13,
        0.13333333333333333,
        0.1366666666666667,
        0.14,
        0.14333333333333334,
        0.14666666666666667,
        0.15000000000000002,
        0.15333333333333335,
        0.15666666666666668,
        0.16,
        0.16333333333333333,
        0.16666666666666669,
        0.17,
        0.17333333333333334,
        0.17666666666666667,
        0.18000000000000002,
        0.18333333333333335,
        0.18666666666666668,
        0.19,
        0.19333333333333336,
        0.19666666666666668,
        0.2,
        0.20333333333333334,
        0.2066666666666667,
        0.21000000000000002,
        0.21333333333333335,
        0.21666666666666667,
        0.22,
        0.22333333333333336,
        0.22666666666666668,
        0.23,
        0.23333333333333334,
        0.2366666666666667,
        0.24000000000000002,
        0.24333333333333335,
        0.24666666666666667,
        0.25,
        0.25333333333333335,
        0.2566666666666667,
        0.26,
        0.26333333333333336,
        0.26666666666666666,
        0.27,
        0.2733333333333334,
        0.27666666666666667,
        0.28,
        0.2833333333333333,
        0.2866666666666667,
        0.29000000000000004,
        0.29333333333333333,
        0.2966666666666667,
        0.30000000000000004,
        0.30333333333333334,
        0.3066666666666667,
        0.31,
        0.31333333333333335,
        0.3166666666666667,
        0.32,
        0.32333333333333336,
        0.32666666666666666,
        0.33,
        0.33333333333333337,
        0.33666666666666667,
        0.34,
        0.3433333333333334,
        0.3466666666666667,
        0.35000000000000003,
        0.35333333333333333,
        0.3566666666666667,
        0.36000000000000004,
        0.36333333333333334,
        0.3666666666666667,
        0.37000000000000005,
        0.37333333333333335,
        0.3766666666666667,
        0.38,
        0.38333333333333336,
        0.3866666666666667,
        0.39,
        0.39333333333333337,
        0.39666666666666667,
        0.4,
        0.4033333333333334,
        0.4066666666666667,
        0.41000000000000003,
        0.4133333333333334,
        0.4166666666666667,
        0.42000000000000004,
        0.42333333333333334,
        0.4266666666666667,
        0.43000000000000005,
        0.43333333333333335,
        0.4366666666666667,
        0.44,
        0.44333333333333336,
        0.4466666666666667,
        0.45,
        0.45333333333333337,
        0.4566666666666667,
        0.46,
        0.4633333333333334,
        0.4666666666666667,
        0.47000000000000003,
        0.4733333333333334,
        0.4766666666666667,
        0.48000000000000004,
        0.48333333333333334,
        0.4866666666666667,
        0.49000000000000005,
        0.49333333333333335,
        0.4966666666666667,
        0.5
      ],
      "series": [
        {
          "label": "n = 10",
          "y": [
            10.0,
            9.70873786407767,
            9.433962264150942,
            9.174311926605505,
            8.928571428571427,
            8.695652173913045,
            8.474576271186441,
            8.264462809917356,
            8.064516129032258,
            7.874015748031496,
            7.692307692307692,
            7.518796992481203,
            7.352941176470589,
            7.194244604316546,
            7.042253521126761,
            6.8965517241379315,
            6.756756756756757,
            6.622516556291391,
            6.4935064935064934,
            6.369426751592356,
            6.25,
            6.1349693251533735,
            6.024096385542168,
            5.9171597633136095,
            5.813953488372093,
            5.714285714285714,
            5.617977528089887,
            5.524861878453039,
            5.434782608695652,
            5.347593582887701,
            5.2631578947368425,
            5.181347150259067,
            5.1020408163265305,
            5.025125628140704,
            4.9504950495049505,
            4.878048780487806,
            4.8076923076923075,
            4.7393364928909945,
            4.672897196261682,
            4.6082949308755765,
            4.545454545454545,
            4.484304932735425,
            4.424778761061947,
            4.366812227074235,
            4.310344827586206,
            4.25531914893617,
            4.201680672268908,
            4.149377593360995,
            4.098360655737705,
            4.048582995951417,
            4.0,
            3.952569169960474,
            3.90625,
            3.8610038610038613,
            3.8167938931297707,
            3.773584905660377,
            3.731343283582089,
            3.690036900369004,
            3.64963503649635,
            3.610108303249097,
            3.5714285714285716,
            3.5335689045936394,
            3.4965034965034962,
            3.460207612456747,
            3.4246575342465753,
            3.389830508474576,
            3.3557046979865772,
            3.322259136212624,
            3.289473684210526,
            3.2573289902280127,
            3.225806451612903,
            3.1948881789137378,
            3.1645569620253164,
            3.134796238244514,
            3.105590062111801,
            3.076923076923077,
            3.0487804878048776,
            3.021148036253776,
            2.9940119760479043,
            2.9673590504451037,
            2.9411764705882355,
            2.9154518950437316,
            2.890173410404624,
            2.8653295128939824,
            2.8409090909090904,
            2.8169014084507045,
            2.793296089385475,
            2.7700831024930745,
            2.7472527472527473,
            2.7247956403269753,
            2.7027027027027026,
            2.680965147453083,
            2.6595744680851063,
            2.638522427440633,
            2.6178010471204187,
            2.597402597402597,
            2.577319587628866,
            2.557544757033248,
            2.5380710659898478,
            2.5188916876574305,
            2.5,
            2.4813895781637716,
            2.463054187192118,
            2.444987775061125,
            2.4271844660194173,
            2.4096385542168672,
            2.3923444976076556,
            2.375296912114014,
            2.3584905660377355,
            2.3419203747072603,
            2.325581395348837,
            2.3094688221709005,
            2.293577981651376,
            2.2779043280182227,
            2.262443438914027,
            2.2471910112359548,
            2.2321428571428568,
            2.2172949002217295,
            2.2026431718061668,
            2.1881838074398248,
            2.173913043478261,
            2.159827213822894,
            2.1459227467811157,
            2.1321961620469083,
            2.11864406779661,
            2.1052631578947367,
            2.092050209205021,
            2.0790020790020787,
            2.066115702479339,
            2.0533880903490758,
            2.0408163265306123,
            2.028397565922921,
            2.0161290322580645,
            2.004008016032064,
            1.99203187250996,
            1.9801980198019802,
            1.968503937007874,
            1.9569471624266144,
            1.9455252918287935,
            1.9342359767891684,
            1.923076923076923,
            1.9120458891013383,
            1.9011406844106462,
            1.890359168241966,
            1.8796992481203008,
            1.869158878504673,
            1.858736059479554,
            1.8484288354898335,
            1.838235294117647,
            1.8281535648994514,
            1.8181818181818181
          ]
        },
        {
          "label": "n = 100",
          "y": [
            100.0,
            75.18796992481202,
            60.24096385542168,
            50.25125628140704,
            43.103448275862064,
            37.735849056603776,
            33.557046979865774,
            30.211480362537763,
            27.47252747252747,
            25.188916876574307,
            23.255813953488374,
            21.598272138228943,
            20.161290322580644,
            18.90359168241966,
            17.793594306049823,
            16.80672268907563,
            15.92356687898089,
            15.1285930408472,
            14.40922190201729,
            13.755158184319118,
            13.157894736842106,
            12.610340479192937,
            12.106537530266344,
            11.641443538998836,
            11.210762331838565,
            10.810810810810809,
            10.438413361169102,
            10.09081735620585,
            9.765625,
            9.460737937559129,
            9.174311926605505,
            8.904719501335707,
            8.650519031141869,
            8.410428931875526,
            8.183306055646481,
            7.96812749003984,
            7.763975155279502,
            7.570022710068129,
            7.385524372230428,
            7.209805335255948,
            7.042253521126761,
            6.882312456985547,
            6.729475100942126,
            6.583278472679393,
            6.443298969072165,
            6.309148264984227,
            6.180469715698393,
            6.056935190793458,
            5.938242280285036,
            5.8241118229470015,
            5.7142857142857135,
            5.608524957936062,
            5.506607929515418,
            5.408328826392645,
            5.313496280552602,
            5.221932114882506,
            5.133470225872689,
            5.047955577990914,
            4.965243296921549,
            4.885197850512945,
            4.8076923076923075,
            4.73260766682442,
            4.659832246039143,
            4.5892611289582375,
            4.520795660036166,
            4.4543429844097995,
            4.389815627743634,
            4.327131112072696,
            4.266211604095563,
            4.206983592763988,
            4.149377593360995,
            4.093327875562832,
            4.038772213247173,
            3.9856516540454363,
            3.9339103068450036,
            3.883495145631068,
            3.8343558282208585,
            3.786444528587656,
            3.739715781600598,
            3.6941263391207975,
            3.6496350364963503,
            3.6062026685899746,
            3.563791874554526,
            3.522367030644593,
            3.481894150417827,
            3.442340791738382,
            3.4036759700476513,
            3.3658700774150114,
            3.3288948069241013,
            3.2927230819888047,
            3.2573289902280127,
            3.222687721559781,
            3.1887755102040813,
            3.155569580309246,
            3.123048094940662,
            3.091190108191653,
            3.0599755201958385,
            3.0293850348379276,
            2.999400119976005,
            2.97000297000297,
            2.9411764705882346,
            2.912904165452957,
            2.8851702250432774,
            2.857959416976279,
            2.8312570781426953,
            2.8050490883590458,
            2.7793218454697057,
            2.7540622418066647,
            2.729257641921397,
            2.704895861509332,
            2.6809651474530827,
            2.6574541589157583,
            2.6343519494204424,
            2.611647949856359,
            2.589331952356292,
            2.567394094993581,
            2.545824847250509,
            2.5246149962130775,
            2.503755633450175,
            2.483238142537869,
            2.4630541871921183,
            2.4431956999755675,
            2.423654871546292,
            2.4044241404183695,
            2.3854961832061066,
            2.366863905325444,
            2.348520432127759,
            2.330459100442787,
            2.3126734505087883,
            2.295157218269451,
            2.277904328018223,
            2.2609088853719195,
            2.244165170556553,
            2.227667631989307,
            2.21141088014153,
            2.195389681668496,
            2.1795989537925022,
            2.1640337589266387,
            2.1486892995272884,
            2.1335609131640707,
            2.11864406779661,
            2.103934357248054,
            2.0894274968658584,
            2.075119319360863,
            2.061005770816158,
            2.0470829068577276,
            2.03334688897926,
            2.0197939810139363,
            2.0064205457463884,
            1.9932230416583614,
            1.9801980198019802
          ]
        },
        {
          "label": "n = 1000",
          "y": [
            1000.0,
            230.94688221709006,
            130.54830287206266,
            90.99181073703366,
            69.83240223463687,
            56.657223796033996,
            47.66444232602478,
            41.13533525298231,
            36.1794500723589,
            32.289312237649334,
            29.15451895043732,
            26.574541589157587,
            24.4140625,
            22.578460149017836,
            20.99958000839983,
            19.62708537782139,
            18.422991893883566,
            17.358097552508244,
            16.409583196586805,
            15.559358954411076,
            14.792899408284025,
            14.098406880022557,
            13.4661998384056,
            12.888258796236627,
            12.357884330202669,
            11.869436201780413,
            11.418131993605847,
            10.999890001099988,
            10.611205432937181,
            10.24905196269345,
            9.910802775024777,
            9.594166746618054,
            9.297136481963555,
            9.017945711966814,
            8.755034144633163,
            8.507018290089324,
            8.272667107875579,
            8.050881571532083,
            7.840677434530343,
            7.6411706273401085,
            7.45156482861401,
            7.271140841998108,
            7.099247479767144,
            6.935293709688605,
            6.778741865509761,
            6.6291017567119646,
            6.485925541574782,
            6.348803250587263,
            6.217358865953742,
            6.091246878235975,
            5.970149253731342,
            5.8537727565415905,
            5.74184657785944,
            5.6341202321257535,
            5.530361685654241,
            5.430355688297583,
            5.333902282910176,
            5.24081547088727,
            5.150922015040692,
            5.064060363599533,
            4.9800796812749,
            4.898838975162887,
            4.820206304829846,
            4.744058067270743,
            4.670278348589576,
            4.5987583352494825,
            4.529395778603134,
            4.462094507161662,
            4.396763981709461,
            4.333318888937037,
            4.271678769756514,
            4.211767678894832,
            4.153513872736335,
            4.09684952271703,
            4.041710451863228,
            3.988035892323031,
            3.935768261964735,
            3.8848529583155273,
            3.8352381682902505,
            3.7868746923164305,
            3.739715781600599,
            3.6937169874044247,
            3.6488360213092017,
            3.6050326255452614,
            3.5622684525505837,
            3.520506953001232,
            3.479713271626418,
            3.439854150184032,
            3.4008978370289755,
            3.3628140027575073,
            3.325573661456601,
            3.2891490971285724,
            3.25351379489849,
            3.2186423766455308,
            3.1845105407298893,
            3.1510950055144162,
            3.118373456405139,
            3.0863244961575256,
            3.0549275982159223,
            3.02416306287235,
            2.994011976047904,
            2.9644561705155192,
            2.9354781893970525,
            2.9070612517805743,
            2.8791892203155593,
            2.8518465706544984,
            2.825018362619357,
            2.798690212980325,
            2.7728482697426795,
            2.7474791878451517,
            2.722570106180234,
            2.6981086258532763,
            2.674082789603166,
            2.6504810623128097,
            2.6272923125426937,
            2.6045057950253936,
            2.5821111340632097,
            2.5600983077750183,
            2.5384576331421025,
            2.5171797518060766,
            2.4962556165751373,
            2.4756764785977765,
            2.455433875165742,
            2.435519618110524,
            2.4159257827599534,
            2.396644697423607,
            2.3776689333777163,
            2.35899129532212,
            2.340604812283494,
            2.322502728940706,
            2.3046784973496197,
            2.28712576904604,
            2.2698383875068093,
            2.252810380950235,
            2.2360359554581635,
            2.219509488403063,
            2.2032255221644483,
            2.187178758119901,
            2.171364050896773,
            2.155776402871494,
            2.1404109589041096,
            2.1252630012964104,
            2.110327944962647,
            2.0956013328024476,
            2.081078831266128,
            2.066756226103131,
            2.052629418284823,
            2.038694420093372,
            2.0249473513688643,
            2.011384435907235,
            1.998001998001998
          ]
        }
      ],
      "xlabel": "Equal pairwise correlation",
      "ylabel": "Effective mean sample size",
      "logx": false,
      "logy": false
    }
  ],
  "title": "Complete denominators and dependence change design evidence",
  "assumptions": "Funnel conditional pass rates 0.8,0.6,0.5,0.2. Effective sample size is for equal-variance, equal-correlation means, not a fitted binary protein-success model.",
  "worked": "1000×0.8×0.6×0.5×0.2=48，起始口径4.8%，最后样品口径20%；100个等相关样本在rho=0.2时有效样本量约4.80769。",
  "checks": {
    "funnel_final": 48.0,
    "effective_100_rho_02": 4.8076923076923075,
    "zero_failure_upper_30": 0.09503385285530419
  },
  "generator_source_sha256": {
    "ops/datacenter/editorial_guides/science_figures.py": "01890ea429a67a880650c9b0602b1b66ed6ddeaa9704b7224897857a5f4803d7",
    "ops/datacenter/editorial_guides/deep_figures.py": "158969d9b1f5a4bd13906cf78dd71affc2692df9194593918059d861a6f59c85"
  },
  "source_ids": [
    "rfdiffusion",
    "proteinmpnn",
    "af3"
  ],
  "formula_source": "Article equations and this versioned script",
  "diagram_nodes": [
    "预定义功能约束",
    "条件化骨架生成",
    "序列与家族多样性",
    "冻结自洽筛选",
    "样品 / 结构 / 功能",
    "全分母与跨批复现"
  ]
}