{
  "analytic": "rna-guided-transposition",
  "kind": "declared_analytical_or_constructed_example",
  "experimental_model_result": false,
  "panels": [
    {
      "kind": "bar",
      "labels": [
        "Position",
        "Orientation",
        "Intact cargo",
        "No backbone"
      ],
      "series": [
        {
          "label": "Joint qualified fraction",
          "y": [
            0.8,
            0.7200000000000001,
            0.684,
            0.67032
          ]
        }
      ],
      "ylabel": "Fraction of starting integrations"
    },
    {
      "kind": "line",
      "x": [
        0.0,
        0.006666666666666667,
        0.013333333333333334,
        0.02,
        0.02666666666666667,
        0.03333333333333333,
        0.04,
        0.04666666666666667,
        0.05333333333333334,
        0.060000000000000005,
        0.06666666666666667,
        0.07333333333333333,
        0.08,
        0.08666666666666667,
        0.09333333333333334,
        0.1,
        0.10666666666666667,
        0.11333333333333334,
        0.12000000000000001,
        0.12666666666666668,
        0.13333333333333333,
        0.14,
        0.14666666666666667,
        0.15333333333333335,
        0.16,
        0.16666666666666669,
        0.17333333333333334,
        0.18000000000000002,
        0.18666666666666668,
        0.19333333333333336,
        0.2,
        0.2066666666666667,
        0.21333333333333335,
        0.22,
        0.22666666666666668,
        0.23333333333333334,
        0.24000000000000002,
        0.24666666666666667,
        0.25333333333333335,
        0.26,
        0.26666666666666666,
        0.2733333333333334,
        0.28,
        0.2866666666666667,
        0.29333333333333333,
        0.30000000000000004,
        0.3066666666666667,
        0.31333333333333335,
        0.32,
        0.32666666666666666,
        0.33333333333333337,
        0.34,
        0.3466666666666667,
        0.35333333333333333,
        0.36000000000000004,
        0.3666666666666667,
        0.37333333333333335,
        0.38,
        0.3866666666666667,
        0.39333333333333337,
        0.4,
        0.4066666666666667,
        0.4133333333333334,
        0.42000000000000004,
        0.4266666666666667,
        0.43333333333333335,
        0.44,
        0.4466666666666667,
        0.45333333333333337,
        0.46,
        0.4666666666666667,
        0.4733333333333334,
        0.48000000000000004,
        0.4866666666666667,
        0.49333333333333335,
        0.5,
        0.5066666666666667,
        0.5133333333333334,
        0.52,
        0.5266666666666667,
        0.5333333333333333,
        0.54,
        0.5466666666666667,
        0.5533333333333333,
        0.56,
        0.5666666666666667,
        0.5733333333333334,
        0.5800000000000001,
        0.5866666666666667,
        0.5933333333333334,
        0.6000000000000001,
        0.6066666666666667,
        0.6133333333333334,
        0.62,
        0.6266666666666667,
        0.6333333333333334,
        0.64,
        0.6466666666666667,
        0.6533333333333333,
        0.66,
        0.6666666666666667,
        0.6733333333333333,
        0.68,
        0.6866666666666668,
        0.6933333333333334,
        0.7000000000000001,
        0.7066666666666667,
        0.7133333333333334,
        0.7200000000000001,
        0.7266666666666667,
        0.7333333333333334,
        0.7400000000000001,
        0.7466666666666667,
        0.7533333333333334,
        0.76,
        0.7666666666666667,
        0.7733333333333334,
        0.78,
        0.7866666666666667,
        0.7933333333333333,
        0.8,
        0.8066666666666668,
        0.8133333333333334,
        0.8200000000000001,
        0.8266666666666668,
        0.8333333333333334,
        0.8400000000000001,
        0.8466666666666667,
        0.8533333333333334,
        0.8600000000000001,
        0.8666666666666667,
        0.8733333333333334,
        0.88,
        0.8866666666666667,
        0.8933333333333334,
        0.9,
        0.9066666666666667,
        0.9133333333333334,
        0.92,
        0.9266666666666667,
        0.9333333333333333,
        0.9400000000000001,
        0.9466666666666668,
        0.9533333333333334,
        0.9600000000000001,
        0.9666666666666667,
        0.9733333333333334,
        0.9800000000000001,
        0.9866666666666667,
        0.9933333333333334,
        1.0
      ],
      "series": [
        {
          "label": "Four-position entropy",
          "y": [
            1.0986122886681096,
            1.1313368369340884,
            1.154774679727398,
            1.1746791561744794,
            1.192272960307238,
            1.208136625054403,
            1.2226119448555584,
            1.2359246548228275,
            1.2482350972832812,
            1.2596630738486274,
            1.2703014962182047,
            1.2802245168890494,
            1.2894926773432485,
            1.298156327843442,
            1.3062579886572305,
            1.313834033192747,
            1.3209159203113763,
            1.3275311173656534,
            1.333703805300646,
            1.3394554265763168,
            1.3448051174065807,
            1.3497700533185129,
            1.3543657287224162,
            1.358606185524512,
            1.362504201882555,
            1.366071449423063,
            1.369318625238006,
            1.372255563517944,
            1.3748913305972317,
            1.3772343063764416,
            1.3792922544726758,
            1.381072382977546,
            1.3825813973382375,
            1.3838255465925058,
            1.384810663964342,
            1.3855422026491182,
            1.3860252674747362,
            1.3862646430106933,
            1.3862648186040893,
            1.3860300107458214,
            1.3855641831080479,
            1.3848710645427271,
            1.3839541652885134,
            1.3828167915978598,
            1.3814620589665025,
            1.37989290412257,
            1.378112095911471,
            1.3761222451948563,
            1.373925813866741,
            1.3715251230768635,
            1.3689223607402192,
            1.366119588402108,
            1.3631187475197524,
            1.3599216652143626,
            1.356530059541292,
            1.3529455443204768,
            1.3491696335646128,
            1.3452037455383359,
            1.3410492064780029,
            1.336707253998437,
            1.3321790402101223,
            1.3274656345677847,
            1.3225680264690278,
            1.3174871276196571,
            1.3122237741805007,
            1.3067787287088959,
            1.3011526819065145,
            1.2953462541838607,
            1.289359997050529,
            1.2831943943391788,
            1.2768498632701433,
            1.270326755362606,
            1.2636253571973786,
            1.2567458910354439,
            1.249688515295633,
            1.242453324894,
            1.235040351446725,
            1.2274495633376274,
            1.2196808656506541,
            1.2117340999669737,
            1.2036090440256024,
            1.1953054112457298,
            1.1868228501081721,
            1.1781609433925957,
            1.1693192072663412,
            1.1602970902198146,
            1.1510939718425113,
            1.1417091614327595,
            1.1321418964332222,
            1.1223913406830706,
            1.1124565824765003,
            1.102336632415907,
            1.0920304210465646,
            1.0815367962579898,
            1.0708545204353583,
            1.0599822673423138,
            1.0489186187142212,
            1.0376620605383837,
            1.0262109789948652,
            1.0145636560283129,
            1.002718264517516,
            0.9906728630052524,
            0.9784253899462212,
            0.9659736574254283,
            0.9533153442931351,
            0.9404479886553262,
            0.9273689796503505,
            0.9140755484327996,
            0.9005647582745451,
            0.8868334936798504,
            0.8728784483962632,
            0.8586961121851289,
            0.8442827561944886,
            0.829634416752184,
            0.8147468773673192,
            0.7996156486927931,
            0.7842359461591084,
            0.7686026649383644,
            0.7527103518351878,
            0.7365531736255883,
            0.7201248812718097,
            0.7034187693266674,
            0.6864276296985495,
            0.6691436987703537,
            0.6515585966415072,
            0.6336632569776564,
            0.6154478455882403,
            0.596901665381289,
            0.5780130447302854,
            0.5587692054774736,
            0.5391561057166333,
            0.5191582510374613,
            0.49875846591288275,
            0.47793761412898195,
            0.45667425322579636,
            0.43494420225825914,
            0.41271999387383446,
            0.3899701692111376,
            0.36665835486203613,
            0.3427420305589286,
            0.31817084603917595,
            0.2928842598206908,
            0.26680811940643645,
            0.23984951309707453,
            0.21188863928089696,
            0.1827651556308341,
            0.15225332703476055,
            0.12001135905309371,
            0.08545871875710427,
            0.04737271211488665,
            -0.0
          ]
        }
      ],
      "xlabel": "Probability at a declared position",
      "ylabel": "Entropy (natural log units)",
      "logx": false,
      "logy": false
    }
  ],
  "title": "Joint cargo qualification and positional concentration",
  "assumptions": "Conditional pass rates 0.8,0.9,0.95,0.98. Four hypothetical locations; entropy does not label the correct site. No DNA integration measurements.",
  "worked": "四条件联合合格率0.8×0.9×0.95×0.98=0.67032。四位置均匀时熵ln4；全部集中在一个位置时为0，即使该位置错误。",
  "checks": {
    "joint_qualified": 0.67032,
    "uniform_entropy": 1.3862943611198906
  },
  "generator_source_sha256": {
    "ops/datacenter/editorial_guides/horizons_figures.py": "5ed0031cf4cbcfb7d2d78b4385c8c29200a8312d53744507241da3ca5ca44a9c",
    "ops/datacenter/editorial_guides/deep_figures.py": "158969d9b1f5a4bd13906cf78dd71affc2692df9194593918059d861a6f59c85"
  },
  "source_ids": [
    "h-cast2019",
    "h-cascade2019"
  ],
  "formula_source": "Article equations and this versioned script",
  "diagram_nodes": [
    "Target recognition",
    "Insertion distribution",
    "Linked junctions",
    "Cargo integrity",
    "Cell-level copy count",
    "Functional persistence"
  ]
}